曲阜市档案馆馆藏档案资料自宋代至今，涉及政治、经济、科技、社会、文化、教育等各个方面，内容丰富，价值珍贵。
　　目前，馆藏档案110个全宗，案卷42000余卷，排架总长度800余米。其中开放档案共有8个全宗的2000余卷。档案门类主要有文书档案、科技档案、死亡干部档案、公证档案、专门档案、书画档案、声像档案、孔子文化档案、荣誉档案等。馆藏档案的主要来源：一是按照《中华人民共和国档案法》、《地县档案馆工作规范》要求，定期接收有关单位的档案；二是广泛收集散存在社会上的档案。
　  本馆以孔子文化档案、珍贵字画、照片档案等为主要特色。孔子文化档案资料2000余卷册，实物近500件，内容涉及有清乾隆和民国年间的《阙里文献考》、《曲阜县志》、《孔子世家谱》、《四书白话解》、《医宗金鉴》等，形成了初具规模的地方档案史料，较为全面地反映了孔子的儒家思想内涵，在国内外有重要影响，并发挥了重要作用。其中，《孔子世家谱》是目前世界上延续时间最长、制度最完善、结构最完整的一部氏族谱系，堪称为稀世之宝。
  　馆藏各种名贵字画17件，其中馆藏的《骏马图》系宋末元初著名书画家赵孟頫的得意之作，其画构图饱满，意境深邃，所画之马线型圆润细劲。其上有元、明时期9位名人的题跋，经有关专家鉴定，此轴在中国书画史上占有重要地位，价值连城。
  　馆内现存照片8万余张、1200余卷，其中反映党和国家领导人、外国元首贵宾在曲阜活动的照片有近万张，反映建国前后风土人情的珍贵照片4千余张。我馆利用照片档案举办的“党和国家领导人在曲阜”展览、“改革开放成果展”，代表山东省制作并在北京第十三届国际档案大会期间推出的《孔府档案》展览，均收到良好宣传效果。
  　馆藏图书资料12000余卷（册），主要收藏党和政府的政策、法规汇编、名人著作、有关政治、军事、经济、文化、教育、历史、地理、史志、报纸、杂志及中外文学名著。
  　利用馆藏丰富的档案资料，编研出版了20余种成果。现已正式出版的有《曲阜市档案馆指南》、《孔子故里一曲阜》、《曲阜旅游大观》、《孔子故里风俗》等8种，还编印了《四书集注》、手书《论语》等资料20余种，起到了很好的服务和文化传承作用。